在国内提交专利申请或根据专利合作条约（PCT）递交至世界知识产权组织(WIPO)之后，可通过下述两种方式申请注册欧洲专利：通过专利合作条约进入欧洲区域阶段（Euro-PCT）和巴黎公约途径（不需要先递交至WIPO）。或者通过直接途径，可以主张优先权直接将欧洲专利申请递交到欧洲专利局（EPO）。
在提交Euro-PCT申请时，进入欧洲区域阶段的期限为31个月，自最早主张的优先权日期或PCT申请的申报日期起计（如未主张优先权）。上述自最早主张的优先权日期起算的、最长31个月的期限被称为“国际阶段”，随后为“国家阶段”或“区域阶段”。
在申请递交之后，进入两大阶段：检索阶段以及审查阶段。在检索阶段，将检查申请文件是否符合形式要求，且将出具《欧洲补充检索报告和书面意见书》（且必须对此官方通讯函进行答复）。申请人可以利用此答复机会对申请文件作出一些修改。在审查阶段，将出具《国际初步审查报告》。如果符合下述所有三项可专利性条件，则相关发明具备专利保护的资格：新颖性,即相关发明必须为新发明，无法在任何检索途径中查到，否则将无法获得专利保护；创造性，即不得为相关专业领域人士所熟知；以及实用性，即可予以工业应用。
如果发明符合可专利性，则授权阶段将予启动。申请人需支付授权费用和公布费用，且摘要应当翻译为英语、法语和德语。在上述程序结束之后，相关专利将被授权。一般而言，获得专利权授权的耗时通常长达数年。为加快上述流程，可提出加快处理程序（PACE）申请。申请人应分别在检索阶段或审查阶段提出对应的检索PACE申请和审查PACE申请。在专利被授权之后，应当在指定的欧洲国家分别进行生效。在绝大多数情形下，应当在授权日期之后的三个月内实施生效。各国生效流程有所差别-部分国家仅收取小额官费，部分国家不收取任何费用；部分国家要求就权利主张或全部申请文件提供翻译件，但其他国家完全不要求申请人提供任何翻译。
对于通过巴黎公约和Euro-PCT途径提交的专利申请，专利有效期均为20年，都是自申请递交日期起算。年费应当按年缴纳。在进行专利授权之前，应当向欧洲专利局缴纳年费。在指定欧洲国家完成专利生效之后，年费应当向相关国家的专利局缴纳。如欲了解相关专利信息（例如，已生效的国家）、相关文件和其他数据，可登录欧洲专利局网站查阅：
通过巴黎公约（无需先递交至WIPO）途径提交的欧洲专利申请，其主要区别在于期限：欧洲专利申请必须在最先主张的优先权日期起计的12个月内进行递交。递交之后的程序和Euro-PCT较为近似：申请进入检索和审查阶段，随后，如果专利申请符合相关要求，则授予专利权。对于通过Euro-PCT方式提交的专利申请，通常需要等待若干年才能顺利获得专利权，但可通过提出检索PACE申请和/或审查PACE申请加快相关流程。
在通过上述两种方式递交申请时，无需提供《代理委托书》（PoA）。Euro-PCT和巴黎公约的费用均相同。无论哪一种途径，住所地或主营业务地不在缔约国境内的公司或个人都无法自行提交申请，都需要通过专利代理人代表申请人在欧洲专利局完成相关程序。
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